Illumina ASA芯片(
Infinium Asian Screening Array-24 v1.0(ASA)BeadChip是illumina公司于2017年推出的面向东亚和东南亚人群的基因分型芯片。为群体规模的遗传研究、变异筛查和精准医学研究提供了优质、经济的解决方案。利用成熟的iScan®系统、可视化分析软件和Infinium高通量筛查(HTS)分析,一张芯片可同时检测24个样本的659,184个标记,并具备50,000个微珠类型的定制能力。
超过10,000个QC标记用于样本鉴定、追踪和分层精选自东亚和东南亚全基因组样本的内容:
ASA芯片内容精选自9000+东亚和东南亚人群全基因组数据,其中包括了韩国、蒙古和马来西亚等未在公共数据库披露的70,000个标记。
广泛的临床研究应用
ASA芯片上的临床研究内容是由医学和基因组学专家合作设计的,利用多个注释数据库,创建出适合临床研究应用的强大、优质且经济的panel。
科学界公认数据库关联标记
芯片上包含了ClinVar已知疾病、药物基因组知识库(PharmGKB)、美国国家人类基因组研究所(NHGRI)数据库关联的标记,另外,不仅包括用于HLA等位基因的基于填充的tagSNP、扩展的MHC区域、KIR基因、gnomAD数据库的外显子内容,还包括了ASA芯片独有的临床研究相关的来自亚洲人群50,000未公开发表的位点。
广泛的药物基因组学标记和外显子内容
ASA芯片以PharmGKB和药物遗传学临床实施联盟(CPIC)为依据,选择与吸收、分布、代谢和排泄相关的药物基因组学标记,另外,还包含ExAC数据库中不同人群交叉和特异的标记。
广泛的疾病种类覆盖
超过18,000个已发表的与临床研究相关的变异,超过7,000个疾病和性状关联来自ClinVar数据库,超过12,000个变异选自NHGRI-GWAS目录,代表了最广泛的表型和疾病分类。
四款芯片参数比较
ASA/ASA-CHIA
GSA/GSA-mydesign
PMRA/PMRA-mydesign
APMRA/APMRA-mydesign
平台
illumina
illumina
Thermo Fisher
Thermo Fisher
应用群体
东亚/东南亚
全球人种
全球人种
东亚/东南亚
位点数
75万
70万
90万
80万
有效位点数
85%(64万)
55%(38万)
50%(46万)
60%(48万)
低频突变覆盖
24%(18万)
13.6(9.5万)
13%(11万)
20%(16万)
通量
10000s/week
4608s/week
960s/week
960s/week
ASA芯片凭借高通量的流程,仅需3天,即可完成从DNA样本到获得基因分型结果;东亚和东南亚群体的超高填充准确性;检出率和重复率均超过了99.9%。 无论是从有效位点,还是检测通量以及检测价格,ASA都具备绝对优势,是科研和消费基因组产品的不二选择。
参考文献:Shuo Zhang, et al. BasePhasing: a highly efficient approach for preimplantation genetic haplotyping in clinical application of balanced translocation carriers. . BMC Medical Genomics. 2019; 12:52. **以上所有服务内容,解释权归北京果壳生物科技有限公司所有
栏目分类
- VerusCoin 官网
- VerusCoin 官网